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队列研究 -- 转录调控大队列顶刊研究思路全解析
直播时间：2024-11-12 09:00:00
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微生物多样性QIIME2流程
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利用dada2/deblur降噪方法对16S/18S/ITS/功能基因等特定区段的高通量测序序列进行错误校正，获得每个样本的ASV代表序列及丰度表，基于序列降噪结果进行微生物多样性分析，挖掘高通量测序样本中微生物群落结构、进化关系以及微生物与理化指标相互作用等信息
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宏基因组云分析
宏基因组云分析
基于二代测序平台，以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，解读微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络，探索微生物相互协作及与环境和宿主之间的关系等信息。
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真核有参转录组云分析
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根据真核生物参考基因组，针对高通量测序数据进行表达量计算，获得基因表达差异及差异基因功能富集等信息，定量描述RNA世界，探索基因表达奥秘。
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全转录组云分析
全转录组云分析
指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和，基于二代测序平台，采用去核糖体链特异性和小片段富集筛选的建库方法，实现编码RNA和非编码RNA（miRNA, lncRNA, circRNA）的建库、测序、生物信息学分析及联合分析、ceRNA调控网络等，研究基因表达变化的同时分析非编码RNA对其调控作用，深入挖掘解读生命现象背后的转录与调控问题。
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iTRAQ/TMT蛋白组云分析
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TMT iTRAQ相对定量蛋白质组学云分析流程，根据高精质谱仪数据分析结果对蛋白质进行表达量计算，获得蛋白表达差异及差异蛋白功能富集等信息，定量描述蛋白世界，探索蛋白世界的多彩奥秘。
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代谢组云分析
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通过液质联用（LC–MS）或气质联用（GC-MS）方法检测生物体受扰动或刺激前后大量代谢产物的动态变化，通过统计学和生物信息学分析，挖掘差异表达的代谢物，进而阐明生物体代谢相关过程的非靶向代谢组学技术。
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smallRNA云流程
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SmallRNA（小分子RNA）是一类长度在20-30nt 的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA。其在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色。高通量测序技术可以一次性产生上百万条smallRNA序列，能够快速鉴定特定条件下表达的smallRNA并发现新的smallRNA，并进行不同条件下smallRNA的表达差异以及其靶基因分析等。
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Binning云分析
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在宏基因组分析中，根据一定的特征，将来自不同个体的序列（reads或contigs）分离开来的过程即为binning。使用宏基因组拼接组装获得的contigs进行binning组装，并通过质量评估和筛选，获得高质量的bins，可以对指定的Bin进行基因组组装，并在基因组层面进行分析。
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真核无参转录组云分析
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无需物种基因组信息，以新一代高通量转录组测序数据作为输入，通过从头(de novo)组装构建转录组，然后对获得的转录组序列，进行功能注释、表达定量、表达差异以及结构分析等，借助转录组测序之力探秘无参物种。
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原核转录组云分析
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从RNA水平研究基因表达的情况，通过细菌转录组比较分析，研究细菌在不同环境、宿主等情况下的基因表达变化，从而阐述宿主、环境对细菌的影响、细菌致病机制等。还可以深入挖掘sRNA和基因结构的信息，进一步为基因网络调控的研究提供有力支持。
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lncRNA云分析
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lncRNA是一类长度大于200nt的非编码RNA，广泛存在于各种生物体内，能够在表观遗传、转录以及转录后等各种水平上对生命活动进行关键性的调控。lncRNA测序是通过高通量测序技术及生物信息学方法在整体水平上解释样品中lncRNA及mRNA全面信息的研究方法。
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微生物多样性云分析
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基于二代测序平台，对16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定区段PCR产物进行高通量测序，探究环境样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等信息。
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